Diese epische Saga taucht in himmlische Gefilde und die dunklen Winkel der menschlichen Seele ein. Sie verfolgt die Schicksale von Engeln, deren göttliche Existenz von Leidenschaft, Verrat und unsterblicher Liebe geprägt ist. Der Krieg zwischen Himmel und Erde spielt sich nicht nur im kosmischen Maßstab ab, sondern auch in den Herzen der Sterblichen, die zu unfreiwilligen Spielfiguren in einem Konflikt werden, der älter ist als die Menschheit selbst. Die Reihe erforscht Themen wie Erlösung, Opfer und die gefährliche Schönheit verbotener Bindungen.
Die Engel Alexiel und Rosiel sind Geschwister und bekämpfen sich auf Grund einer unglücklichen Liebe unerbittlich. Schließlich verbannt Alexiel ihren Bruder Rosiel ins Erdreich. Gott sperrt sie als Strafe für diese Tat in einen Kristall ein. Ihre Seele muss fortan in Menschen weiterleben. Der junge Setsuna Mudo weiß zunächst nicht, dass er einer der Träger Alexiels ist. Rosiel will sich währenddessen mit Hilfe des Videospiels „Angel Sanctuary“ aus seinem Gefängnis befreien.
Eine verbotene Liebe verbindet die beiden Geschwister Setsuna und Sara Mudo. Aber Setsuna ist vom Schicksal als die Wiedergeburt des Engels Alexiel bestimmt. Dazu kommt noch, dass Alexiels Zwillingsbruder Rosiel durch den „Angel Sanctuary“-Plan zu neuem Leben erwacht ist und die beiden unentwegt verfolgt. Nur Setsunas bester Freund Kira hält noch zu ihm. Doch auch er birgt ein dunkles Geheimnis.
Trotz des Verbots gestehen sich Setsuna und seine Schwester Sara ihre Liebe zueinander. Anstatt seiner opfert Kira sich und wird von der Polizei verhaftet. Doch die Rückkehr der beiden Geschwister nach Tokyo, um Kira zu retten, ist nichts als ein neuer, teuflischer Plan des Engels Rosiel...
Als seine über alles geliebte Sara durch die Machenschaften des inorganischen Engels Rosiel getötet wird, erwachen in Setsuna endlich die Kräfte des organischen Engels Alexiel. Er treibt in seiner Rage die Welt an den Rand der Vernichtung und stellt sich gegen sein Schicksal. Letztendlich bricht er auf gen Hades, um Saras Seele zurückzuholen.
Um die Seele seiner geliebten Schwester Sara zu retten, versetzt Setsuna seinen Körper in einen Scheintod und tritt so als Geist seine Reise in den Hades an. Aber Setsuna bleiben nur 7 Tage, nach denen sein Körper vollkommen stirbt. Gleichzeitig spitzt sich im Hohen Himmel der Wettstreit zwischen Rosiel und Sevothtarte immer mehr zu.
Nach dem Sieg über den Wächter des Höllentors, Uriel, ist Setsuna bei der Suche nach Sara einen Schritt weitergekommen. Doch Saras Seele wurde vom Großen Thron Zaphikel aus der Unterwelt in den Himmel entführt. Um dorthin zu gelangen und dem Hades zu entfliehen, müssen Setsuna und Kato erst Enra-O und den Schmelztiegel der Seelen zerstören.
Nachdem er Kato bei der Flucht aus dem Hades verloren hat, betritt Setsuna unter Tränen den Höllenpfad. Doch auch von Nidvhegg steht ihm bald eine schmerzhafte Trennung bevor. Als Setsuna aber nach Gehenna zurückkehrt, erwacht seine Seele in. Alexiels Körper!? Nach dem letzten Teil des Hades-Kapitels heißt es nun Vorhang auf für die nächste Bühne: Gehenna!
Setsuna und Voice sind nach Assiah zurückgekehrt, um Setsunas Körper in Tokyo in Sicherheit zu bringen. Doch dort wartet schon Michael, der Feuerengel, um sie zum Kampf herauszufordern. Inzwischen verstärkt im Hohen Himmel die Geheimbewegung um den schlafenden Wasserengel Jibril urplötzlich ihre Aktivitäten. Und Jibril steht unter der Obhut Sevothtartes.
Um seine geliebte Schwester Sara zu befreien, bricht Setsuna in den Hohen Himmel auf. Doch auf der Reise verliert er seinen Körper, und seine Seele schlüpft in den des Engels Alexiel. Nun gerät Kurai, die Setsunas wirklichen Körper wiederbeleben will, durch eine List Mad Hatters in die Fänge der Dämonenwelt. Unbekannte Gefahren erwarten Setsuna auf dem Weg zur Hölle.
Noise und Setsuna sind ins dunkle Königreich eingedrungen, um Kurais Hochzeit mit Luzifer zu verhindern. Doch Arakune entpuppt sich überraschend als Verräter und lässt sie in die Irre laufen. Zur gleichen Zeit erscheint ein Engel mit drei Flügeln auf der Erde, der sich als Messias ausgibt und Michael zum Kampf herausfordert! Während dessen trifft Kurai auf die geheimnisvolle Gräfin Astarte.
Life as an angel can be hell! The angel Alexiel loved God, but she rebelled against Heaven when she saw how disgracefully the other angels were behaving. She was finally captured, and as punishment sent to Earth to live an endless series of tragic lives. She now inhabits the body of Setsuna Mudo, a troubled teen in love with his sister Sara. Setsuna's misery mirrors the chaos among the angels, and their combined passions threaten to destroy both Heaven and Earth. Deep in Hell, Setsuna has finally found Kurai. But Hell and everyone in it will be destroyed if Kurai doesn't agree to go through with the marriage to Lucifer--who sacrifices his wives to stabilize his power! And in Heaven, the angel Raphael is trying to revive Setsuna's human body, with poor results. A mysterious power is preventing the resurrection spell from working, but Sara is not willing to give up. But when she uses the angel Jibril's powers to assist Raphael's efforts, they are both flung into another dimension!
Mit Zaphikels Hilfe gelingt es Setsuna, alleine den Hohen Himmel Yetzirah zu erreichen. Dieser bietet ihm an, ihn zu Sara zu führen, wenn Setsuna einwilligt als Symbol für seine Rebellenbewegung zu dienen. Als jedoch auch Sara erfährt, dass sich Setsuna im Himmel befindet, schmiedet sie von sich aus Pläne. Welche neuen Gefahren erwarten die beiden, sobald das Schicksal sie wieder vereint?
Sara und Setsuna ist nur ein kurzes Wiedersehen vergönnt. Aus Sorge um Lil, die als ihr Double zurückblieb, lässt sich Sara aus freien Stücken von Sevothtarte gefangen nehmen und im Himmelskorridor einsperren. Währenddessen wird Zaphikel, der Setsuna vor dem Kugelhagel seiner Verfolgern schützte, zum 'Flügelschlag' verurteilt - die höchste Strafe, die einen Engel im Himmel treffen kann. Setsuna fragt sich, wie er den Schaden, den sein gedankenloses Handeln verursacht hat, je wieder gut machen kann.
Zaphikel, durch den "Flügelschlag" um seinen Verstand gebracht, fällt in seinem Hunger nach Fleisch über Raziel her. Während Raziel noch darum ringt zu begreifen, was geschehen ist, kommt ihm eine überraschende Erkenntnis... Mit dem Start ins neue Beriah-Kapitel geht die Geschichte in eine neue Runde: Der Ausgang von Saras Tribunal hängt am seidenen Faden und endlich betritt auch Rosiel wieder die Bildfläche...!
Sara, immer noch in Jibrils Körper, steht als Angeklagte vor dem himmlischen Gericht. Doch wer ist der geheimnisvolle Mann, der dort erscheint? Als Sevothtarte Raphael zwingt, Sara die Stimme zu rauben, steuert der Prozess auf ein Desaster zu. Währenddessen wird Setsuna auf dem Weg zum Justizpalast von Michael gerettet. Der Moment naht, an dem alle vier Elementare an einem Ort vereint sind.
Es wird wieder spannend im Kampf zwischen Himmel und Hölle! Setsuna konnte Saras Verurteilung verhindern und hat dadurch den ganzen Himmel in helle Aufruhr versetzt. Unterdessen rettet der verliebte Raphael die ohnmächtige Sara aus dem zerstörten Gerichtspalast. Sara ist hin- und hergerissen. Sie ist Raphael zwar dankbar, doch ihre Gefühle für Setsuna sind stark wie eh und je. Rosiel nutzt das Chaos um Sevothtartes Demaskierung in der Zwischenzeit zu seinen Gunsten. Doch wer ist der unheimliche Mann in der schwarzen Rüstung an seiner Seite.?
Endlich erfährt Setsuna, wo er Sara finden kann. Doch ihr droht schon die nächste Gefahr in Form der bösen Machenschaften Sandalphons. Während Setsuna loszieht, um Sara zu retten hat Rosiel die Herrschaft über den Himmel erlangt. An seiner Seite steht Luzifer, der im Körper von Kira wieder auferstanden ist. Was führt Rosiel im Schilde? Start des letzten Kapitels der Saga, das noch viele verblüffende Enthüllungen bereit hält!
Seit Rosiel mit Sandalphon verschmolzen ist, ist sein Name gleichbedeutend mit der absoluten Macht im Himmel. Währenddessen stellt Setsuna sich seinem Schicksal als Messias und tritt zum letzten Kampf mit Luzifer an. Sein Entschluss heilt seine Verletzungen und Setsuna erwacht zum wahren Messias! Auch Kato rüstet sich zu einem letzten, ganz privaten Kampf gegen den Herrn der Hölle.
Unter vielen Entbehrungen und dem Verlust ihres Freundes Kato haben Setsuna und seine Gefährten endlich Atziluth erreicht. Doch als Setsuna auf der Suche nach dem heiligen Turm, Etemenanki, den Garten Eden betritt, brechen Alexiels Erinnerungen aus seinem Unterbewusstsein hervor! Luzifer wartet dort schon auf ihn, und mit ihm Rosiel, der plant, die himmlischen Tafeln an sich zu reißen.
Im letzten Band der Serie ist es Setsuna und seinen Freunden auf der Suche nach Adam Kadamon gelungen, den heiligen Turm Etemenanki zu betreten. Dort wartet das letzte große Geheimnis ihrer Reise auf sie: Die wahre Identität des Schöpfers und die Enthüllung von Alexiels und Rosiels Vergangenheit. Doch auch Sara, die noch immer unter Sandalphons Einfluss steht, erreicht den Turm und stellt sich gegen ihren Liebsten. Das Schicksal der Erde hängt nun von Setsunas Entscheidung ab...